Năm 1993, Holly kết hôn với Bryan Travis Smith; họ li hôn năm 1997.[12] Sau đó, Holly kết hôn với người quản lý nhân viên hậu đài cũ của "Phép thuật" và là bạn trai lâu năm David Donoho vào ngày 14 tháng 2 năm 2004. Họ có ba người con trai là: Finley Arthur Donoho (sinh ngày 26/4/2004), Riley Edward Donoho (sinh ngày 26/10/2006) và Kelley James Donoho (sinh ngày 26/5/2009) đều được sinh mổ. Holly đã giữ bí mật về việc mang thai lần thứ 3 bởi vì thai nhi đang trong tình trạng nguy hiểm, và được sinh ra khi chỉ mới 35 tuần.[13] Holly đã nộp đơn li hôn với người chồng thứ hai vào tháng 11 năm 2011 vì những khác biệt khó hòa giải.[14]

Holly Combs đã từng hút thuốc từ năm 15 tuổi đến khi cô mang thai đứa con đầu lòng.[15]